牙床上长肉色软包很疼可能是由于慢性根尖脓肿、牙龈增生、牙龈炎等炎症导致，具体需要根据相关检查判断。

1、慢性根尖脓肿

牙床上长肉色软包很痛，可能是由于慢性根尖脓肿，需要通过选择口服药物调理，比如在医生指导下使用头孢克肟分散片、阿奇霉素片等药物。

2、牙龈增生

或者是出现了牙龈增生，需要通过选择一些手术性治疗。

3、牙龈炎

如果出现牙龈炎，以后有可能会形成消毒的，选择一些药物调理，比如使用头孢克肟分散片、罗红霉素胶囊等药物。

除以上原因以外，还可能是牙齿龋坏，具体需要到医院进行相关检查。